Dunia pasca-apokaliptik bernama Tokyo-3 kini berada di ambang kepunahan total. Makhluk raksasa misterius yang disebut Angel terus menghujani bumi dengan serangan mematikan, memaksa umat manusia berlindung di balik benteng pertahanan terakhir yang berteknologi tinggi.
Seorang remaja penyendiri bernama Shinji Ikari dipanggil secara mendadak ke markas NERV oleh ayahnya yang dingin. Ia diberi beban berat untuk mengemudikan robot raksasa EVA-01 demi menghadapi ancaman Angel yang tak henti-hentinya meneror sisa umat manusia.
Di sana, ia bertemu dengan Rei Ayanami, pilot misterius yang penuh rahasia dan sangat setia pada perintah. Interaksi mereka yang kaku memicu gejolak emosional bagi Shinji yang terus berjuang memahami arti keberadaannya serta alasan mengapa dirinya harus terus bertarung.
Hubungan dengan sang ayah, Gendo Ikari, justru menambah beban psikologis bagi Shinji. Sang komandan operasional, Misato Katsuragi, berusaha menjadi sosok pelindung dan mentor bagi Shinji, namun trauma masa lalu sang bocah tetap menghantui tiap misinya.
Ketegangan memuncak saat serangan musuh semakin brutal, memaksa para pilot untuk menguji batas mental serta fisik mereka. Di balik pertempuran sengit melawan monster, tema kesepian dan pencarian jati diri menjadi inti kisah yang akan mengubah nasib dunia selamanya.
