Edo kini dikuasai oleh Amanto, alien angkuh yang melarang penggunaan pedang di ruang publik. Di tengah kekacauan futuristik yang absurd ini, kehidupan sehari-hari menjadi ladang komedi satire yang penuh tawa sekaligus aksi laga yang sangat mendebarkan hati.
Gintoki Sakata, seorang samurai malas dengan rambut perak, mengelola Yorozuya bersama Shinpachi yang lugu dan Kagura yang bertenaga super. Mereka sering terlibat masalah aneh demi uang, sambil menghadapi masa lalu tragis yang kelam.
Ketegangan politik meningkat saat kelompok pemberontak dan pemerintah kolonial saling beradu. Para tokoh harus berjuang mempertahankan harga diri samurai di dunia yang modern, membuktikan bahwa persahabatan sejati tetap abadi meski zaman terus berubah.
Setelah setahun absen, Shinpachi Shimura balik lagi ke Edo, tapi langsung dibikin kaget setengah mati. Gintoki sama Kagura, partner Yorozuya-nya, berubah jadi orang yang sama sekali beda! Pas Shinpachi lari dari markas gara-gara bingung, dia malah nemuin kalau semua orang di Edo udah berubah total, baik tampang maupun sifat mereka.
Yang paling nggak masuk akal, kakaknya, Otae, ternyata udah nikah sama bos Shinsengumi yang hobi ngintip, Isao Kondou, dan sekarang lagi hamil anak pertama mereka. Karena bingung harus gimana, Shinpachi akhirnya mau diajak gabung ke Shinsengumi sesuai permintaan Otae dan Kondou, tapi di sana dia malah nemuin lebih banyak lagi perubahan aneh di dalam organisasinya.
Untungnya, dia sadar kalau wakil ketua Toushirou Hijikata nggak berubah sama sekali. Akhirnya, Shinpachi sama Hijikata kerja sama buat balikin Edo ke kondisi semula. Dengan bumbu lelucon dewasa, parodi nyeleneh, dan referensi yang nggak tahu malu, Gintama balik lagi ngikutin kekacauan konyol Yorozuya di tengah dunia Edo yang penuh sama alien.
Setelah pertempuran sengit di Rakuyou, masa lalu yang tersembunyi dan tujuan asli dari pemimpin Naraku yang abadi, Utsuro, akhirnya terbongkar. Dengan mengacaukan cadangan Altana di berbagai planet, Utsuro berhasil memancing musuh terbesar Tendoshuu untuk turun tangan: Pasukan Pembebasan Altana. Karena Bumi jadi medan perang utama di konflik antargalaksi ini, rencana besar Utsuro untuk menghancurkan planet itu—sekaligus dirinya sendiri—hampir tuntas sepenuhnya.
Serangan di Terminal Pusat O-Edo menandai dimulainya pertempuran terakhir buat merebut kembali tanah para samurai. Yorozuya nggak kelihatan batang hidungnya, pemerintahan bakufu hampir hancur lebur, dan Shogun juga menghilang, bikin warga benar-benar nggak berdaya saat Pasukan Pembebasan mulai menjarah Edo dengan dalih membebaskan mereka dari kekuasaan Tendoshuu.
Terjepit di antara dua kekuatan besar yang sama-sama mengerikan, mungkinkah Gintoki, Kagura, Shinpachi, dan mantan murid-murid Shouyou Yoshida mengesampingkan ego mereka dan menyatukan semua sekutu demi melindungi apa yang mereka sayangi?
