Satu tahun setelah pemberontakan berdarah Black Rebellion, Britannia mencengkeram Area 11 dengan lebih kejam. Kehidupan damai yang semu terasa ganjil bagi warga, sementara sisa-sisa pasukan perlawanan berusaha bangkit dari abu untuk menantang kaisar yang haus akan kekuasaan dunia.
Ingatan Lelouch vi Britannia telah dimanipulasi, membuatnya menjalani hari-hari sekolah yang membosankan. Namun, pertemuan tak terduga dengan C.C. memicu kembali memorinya sebagai Zero, sang pemimpin revolusi yang tak kenal ampun dalam mengatur strategi catur.
Kini Lelouch harus menyamar kembali, memimpin Order of the Black Knights melawan ayahnya sendiri. Di sisi lain, Suzaku Kururugi yang berkhianat kini menjadi musuh bebuyutan, menciptakan konflik batin tajam antara persahabatan lama dan idealisme yang saling bertabrakan.
Dunia semakin kacau dengan hadirnya Knight of Rounds yang mematikan dan intrik politik istana yang licik. Lelouch dituntut menggunakan kekuatan Geass miliknya dengan lebih cerdas, menantang takdir sambil menanggung beban moral atas setiap nyawa yang harus dikorbankan demi revolusi.
Puncak konspirasi global akan segera meledak, memaksa para karakter menentukan pilihan sulit demi masa depan umat manusia. Akankah dendam pribadi Lelouch membawa perubahan, atau justru menghancurkan dunia yang ingin ia ubah dengan tangannya sendiri melalui perang besar?
