Di masa depan yang kacau, tata surya telah menjadi medan perburuan bagi para pemburu bayaran. Dengan suasana noir futuristik yang kental, kehidupan di luar angkasa penuh dengan bahaya, kemiskinan, dan ambisi yang tersembunyi di balik gemerlap lampu neon kota besar.
Sosok Spike Spiegel yang tenang namun mematikan memimpin kru kapal Bebop. Bersama rekannya Jet Black, seorang mantan polisi yang pragmatis, mereka mencoba bertahan hidup dengan menangkap buronan berbahaya demi imbalan uang yang sangat minim.
Kru ini bertambah aneh dengan kehadiran Faye Valentine, penipu ulung yang licik, serta Ed, peretas jenius yang eksentrik. Mereka menjalin ikatan keluarga yang canggung di tengah kapal yang sering kehabisan bahan bakar dan penuh masalah finansial.
Hubungan mereka sering diwarnai cekcok akibat perbedaan masa lalu yang kelam. Sementara Spike terus dihantui oleh bayang-bayang organisasi kriminal sindikat yang mencarinya, setiap karakter berjuang menghadapi trauma dan penyesalan yang terus membayangi mereka.
Pertarungan sengit di luar angkasa dan konfrontasi dengan musuh dari masa lalu menjadi tantangan tak terelakkan. Mereka mencari arti kebebasan di dunia yang tidak adil, sambil mencoba menerima kenyataan bahwa pelarian dari nasib sendiri sangatlah sulit.