Kenalin nih, Tetsurou Hoshino, bocah yang hidupnya bisa dibilang berat banget sejak kecil. Dia tumbuh di daerah kumuh dan harus kehilangan ibunya yang dibunuh dengan kejam oleh seorang bangsawan mesin. Kejadian traumatis itu bikin dia bertekad bulat buat dapetin tubuh robot supaya bisa hidup abadi dan membalaskan dendam kesumatnya ke semua orang yang udah bikin hidupnya hancur.
Perjalanannya dimulai pas dia ketemu sama sosok misterius bernama Maetel. Cewek cantik ini nawarin dia tiket emas buat naik kereta legendaris bernama Galaxy Express 999 yang bakal bawa dia ke planet Andromeda. Meski awalnya ragu, Tetsurou akhirnya cabut dari Bumi, ninggalin kehidupan lamanya buat berpetualang melintasi galaksi yang luas banget demi impian yang dia cari.
Selama di perjalanan, karakter Tetsurou bener-bener ditempa jadi makin dewasa. Dia ngeliat banyak banget pahit manis kehidupan di tiap planet yang disinggahinya. Dari yang tadinya cuma bocah yang penuh dendam, dia pelan-pelan belajar kalau hidup itu bukan cuma soal jadi robot abadi, tapi tentang gimana caranya menghargai waktu dan menjadi manusia seutuhnya sampai akhir hayat.