Umat manusia kini terombang-ambing di angkasa setelah kehancuran Bumi oleh alien Gauna. Di dalam kapal raksasa Sidonia, kehidupan menjadi perjuangan panjang demi bertahan hidup dari ancaman pemusnahan total yang terus membayangi setiap sudut ruang semesta.
Pilot muda Nagate Tanikaze berjuang keras membuktikan kemampuan dirinya di tengah ketatnya aturan. Dia harus beradaptasi dengan teknologi robotika canggih sambil menjalin ikatan emosional yang rumit dengan rekan-rekannya di medan pertempuran yang brutal.
Hubungan Nagate dengan Izana Shinatose, seorang individu bergender netral, menjadi warna tersendiri di tengah kerasnya latihan militer. Kedekatan mereka memicu dinamika batin yang mendalam di antara ketegangan konstan menghadapi invasi Gauna yang kian ganas.
Sementara itu, Tsumugi Shiraui hadir sebagai sekutu tak terduga yang mengubah perspektif mereka tentang musuh. Keberadaannya membawa dilema moral yang pelik bagi komando Sidonia, memicu perdebatan sengit tentang identitas, kemanusiaan, dan loyalitas sejati.
Konflik memuncak saat kapal Sidonia menuju planet kesembilan untuk misi krusial. Tekanan untuk bertahan hidup memaksa setiap karakter menghadapi batas kemampuan mereka, membuktikan bahwa keberanian adalah satu-satunya senjata melawan takdir yang sangat kejam.
Dunia telah berubah menjadi labirin beton raksasa yang tak berujung. Umat manusia yang tersisa kini hidup dalam pelarian konstan, diburu oleh sistem pertahanan otomatis yang kejam. Dalam kegelapan yang mencekam, harapan mulai menipis di setiap sudut kota.
Seorang pengelana misterius bernama Killy muncul tanpa ingatan masa lalu yang jelas. Ia menjelajahi struktur megastruktur tersebut dengan senjata pemusnah masif, mencari manusia yang memiliki gen akses untuk menghentikan kekacauan dunia ini.
Ia bertemu dengan sekelompok penyintas yang dipimpin oleh Zuru, seorang gadis muda yang gigih namun penuh keraguan. Meski awalnya curiga, mereka akhirnya terpaksa bekerja sama demi bertahan hidup dari ancaman mesin pembunuh yang semakin brutal.
Di sisi lain, Cibo hadir sebagai ilmuwan yang berupaya memulihkan peradaban dengan riset terlarang. Hubungan unik antara pencari misterius dan peneliti ini menjadi kunci untuk membongkar rahasia kelam yang terkubur di balik dinding-dinding logam yang dingin.
Konflik memuncak saat mereka harus menembus garis pertahanan musuh untuk mencapai pusat kendali kota. Perjalanan ini bukan sekadar perjuangan fisik, melainkan ujian moral tentang eksistensi manusia di tengah sisa-sisa peradaban yang kini tak lagi mengenal belas kasih.
