Dulu, Shion ini anak yang super cerdas dan punya masa depan cerah di kota elit No.6. Dia hidup nyaman banget, pokoknya definisi anak emas deh. Tapi, hidupnya jungkir balik gara-gara dia nekat nolongin seorang buronan bernama Nezumi yang lagi luka parah. Gara-gara kejadian itu, dia kehilangan status istimewanya dan harus rela dibuang ke tempat yang lebih kumuh.
Setelah bertahun-tahun hidup susah, takdir mempertemukan mereka lagi. Shion akhirnya sadar kalau kota No.6 yang selama ini dia anggap sempurna itu ternyata menyimpan banyak rahasia gelap yang mengerikan. Bareng sama Nezumi, dia mulai berani melawan sistem yang korup dan berjuang demi kebenaran, meskipun dia harus mempertaruhkan nyawa dan kehilangan kepolosannya.
Perubahan karakter Shion di sini bener-bener gila sih. Dari yang tadinya anak baik-baik, dia berubah jadi sosok yang lebih tegar, berani, bahkan punya sisi misterius setelah terpapar parasit mematikan. Dia bukan lagi anak kecil yang naif, melainkan pejuang yang rela ngelakuin apa aja buat melindungi orang-orang yang dia sayangi dari kehancuran kota itu.