Awalnya, Yami Yugi itu cuma semacam "suara" atau alter ego misterius yang tiba-tiba muncul setelah Yugi Muto berhasil nyelesain Puzzle Millennium yang legendaris. Pas lagi terdesak atau lawan duelnya berbuat curang, jiwa Firaun ini bakal ambil alih tubuh Yugi Muto buat ngasih pelajaran lewat permainan kartu Shadow Game yang bikin merinding. Kerennya, dia punya aura yang karismatik banget dan selalu tenang kalau lagi di situasi genting.
Meskipun kelihatannya dingin dan tegas, sebenernya Yami Yugi itu punya hati yang peduli banget sama temen-temennya, terutama Joey Wheeler, Tea Gardner, dan Tristan Taylor. Dia nganggap mereka semua kayak keluarga sendiri. Perjalanannya bareng Yugi Muto bukan cuma soal menang duel kartu doang, tapi juga soal nyari potongan-potongan ingatan masa lalunya yang hilang sebagai Firaun di Mesir kuno ribuan tahun yang lalu.
Setelah melewati banyak rintangan bareng Seto Kaiba yang selalu jadi rival bebuyutannya, akhirnya Yami Yugi berhasil nemuin jati dirinya yang asli, yaitu Firaun Atem. Momen perpisahan dia sama Yugi Muto di akhir cerita itu bener-bener bikin baper banget. Mereka harus ngelewatin duel terakhir buat nentuin apakah dia bisa lanjut ke alam baka atau harus terus terjebak di dalam puzzle selamanya.