Kenalin nih Sotoka Rakita, siswi pindahan yang gaya hidupnya unik banget karena dia terobsesi parah sama hal-hal berbau ninja. Bukannya sibuk sama pelajaran sekolah biasa, dia malah sibuk latihan jurus dan pakai kostum ninja supaya bisa jadi shinobi sejati yang keren abis.
Lucunya, pas dia baru pindah, dia malah salah paham dan ngira Bocchi alias Hitori Gotou adalah seorang guru ninja yang hebat banget. Karena kepolosannya, dia akhirnya ngikutin ke mana pun Bocchi pergi demi bisa berguru dan belajar teknik rahasia, padahal Bocchi sendiri cuma pengin punya teman sekolah biasa.
Walaupun sering banget kejadian konyol gara-gara salah paham itu, Sotoka tetap jadi teman yang setia dan suportif. Dia punya dedikasi tinggi buat latihan, dan pelan-pelan dia mulai belajar kalau pertemanan itu sebenarnya nggak perlu jurus ninja yang rumit, yang penting sih rasa percaya dan rasa sayang antar teman.