Lukisan masa depan yang kelam terbentang di Lux, sebuah kota bawah tanah yang membusuk dan terisolasi dari dunia luar. Di tempat ini, kekerasan menjadi bahasa utama bagi warga yang bertahan hidup di tengah sisa-sisa peradaban yang mulai hancur total.
Seorang petarung jalanan bernama Ichise kehilangan anggota tubuhnya akibat sebuah insiden berdarah. Dalam keadaan sekarat, ia diselamatkan oleh seorang wanita misterius dan kini harus beradaptasi dengan tubuh mekanis baru yang disebut sebagai Texhnolyze.
Pertemuannya dengan Ran, seorang gadis peramal yang memiliki kemampuan untuk melihat masa depan, mengubah jalan hidupnya. Ikatan aneh di antara mereka mulai tumbuh, menjebak keduanya dalam intrik politik kota yang sangat kelam dan penuh pengkhianatan.
Di sisi lain, Onishi, sosok pemimpin yang berusaha menjaga keseimbangan di Lux, harus menghadapi perpecahan faksi-faksi yang saling haus kekuasaan. Konflik internal ini mengancam stabilitas kota yang perlahan menuju jurang kehancuran yang tak terelakkan.
Ketegangan memuncak saat rahasia kelam mengenai keberadaan kota tersebut perlahan terkuak. Eksistensi manusia dipertanyakan ketika teknologi transhumanisme menjadi beban berat yang menghantui jiwa mereka, memicu pertarungan eksistensial penuh melankolis dan tragedi.