Shounen (atau shōnen, 少年) secara harfiah berarti "anak laki-laki". Dalam industri manga dan anime Jepang, istilah ini merujuk pada demografi target—yaitu karya yang ditujukan untuk remaja laki-laki berusia sekitar 12 hingga 18 tahun.
Semester kedua dimulai dengan ketegangan yang meningkat di SMP Kunugigaoka. Para murid Kelas 3-E kini harus menghadapi tantangan akademis sekaligus tekanan misi pembunuhan yang kian berat. Waktu terus berjalan, sementara ancaman penghancuran bumi oleh Koro-sensei kian nyata.
Sebagai guru sekaligus target, sang makhluk tentakel itu terus membimbing Nagisa Shiota dan kawan-kawan dengan cara unik. Hubungan mereka bukan sekadar pembunuh dan target, melainkan ikatan murid dengan mentor yang tulus mengajarkan nilai kehidupan di tengah tekanan.
Karma Akabane yang cerdas dan penuh ambisi terus memicu persaingan sengit, sementara Kayano Kaede mulai menyimpan rahasia kelam di balik senyum cerianya. Mereka berusaha menyeimbangkan ambisi membunuh dengan perjuangan meraih masa depan di sekolah yang kejam.
Konflik internal pun pecah saat sosok dari masa lalu mulai muncul, menguji kesetiaan dan mentalitas para murid. Ketegangan psikologis ini memaksa mereka menentukan pilihan sulit: apakah harus menuntaskan tugas negara atau mengikuti kata hati yang telah terikat kuat.
Puncak ujian datang saat batas waktu kian sempit, memicu konfrontasi besar yang mengubah cara pandang mereka tentang keadilan. Di kelas ini, pelajaran paling berharga bukanlah tentang teori buku, melainkan tentang bagaimana cara berdiri tegak menghadapi takdir.