Sebuah pencurian data rahasia di markas polisi memicu kekacauan besar. Seorang mata-mata nekat membobol akses daftar agen intelijen global. Aksi kejar-kejaran di jalanan Tokyo menjadi pembuka thriller aksi mendebarkan saat organisasi hitam mulai bergerak.
Conan Edogawa menemukan seorang wanita misterius dengan mata heterokromia yang menderita amnesia di dekat taman. Tanpa ia sadari, sosok asing ini adalah kunci utama bagi Organisasi Hitam yang dipimpin oleh sang kejam, yakni Gin yang bengis.
Kehadiran Haibara Ai menambah tensi tinggi karena ia merasakan aura bahaya yang familiar. Sementara itu, Akai Shuichi dari FBI dan Amuro Tooru dari kepolisian saling beradu argumen demi mengungkap identitas asli wanita yang penuh teka-teki itu.
Situasi memanas saat Vermouth mengawasi dari bayang-bayang. Ketegangan memuncak ketika pihak kepolisian dan agen rahasia harus berpacu dengan waktu sebelum rencana jahat Organisasi Hitam meledak, mengancam keselamatan banyak orang di kota yang sibuk ini.
Mampukah rahasia gelap masa lalu terungkap sebelum segalanya terlambat? Dalam pertarungan mental dan fisik yang brutal, kesetiaan diuji saat aliansi tak terduga terbentuk untuk menghadapi ancaman terbesar yang pernah mengguncang dunia detektif selama ini.
