Dunia ini dihuni oleh entitas purba yang disebut Mushi, makhluk menyerupai esensi kehidupan yang tak terlihat oleh manusia biasa. Mereka membawa misteri, penyakit, hingga keajaiban yang sering kali mengacaukan tatanan dunia serta nasib orang-orang malang.
Di tengah kegelapan ini, Ginko berkelana sebagai seorang Mushishi. Dengan satu mata tertutup dan rambut putih mencolok, ia mendedikasikan hidupnya untuk meneliti Mushi serta menjadi penengah antara manusia yang terdampak dengan makhluk misterius tersebut.
Kali ini, ia bertemu dengan seorang gadis yang memiliki nasib cukup tragis akibat sentuhan Mushi. Kondisinya yang kian memburuk memaksa pria pengembara itu untuk mencari akar permasalahan yang tersembunyi jauh di balik hutan terlarang yang sangat berbahaya.
Perjalanan mereka bukan sekadar pelarian, melainkan pertarungan batin yang mendalam. Keduanya terjebak dalam dilema moral di mana rasa empati harus beradu dengan hukum alam yang dingin, menuntut sebuah keputusan sulit yang bisa merenggut nyawa salah satu pihak.
Ketika garis tipis antara kehidupan dan kematian mulai memudar, mereka harus menghadapi kebenaran pahit tentang eksistensi. Akankah pemahaman akan alam semesta mampu menyelamatkan jiwa yang tersesat, atau justru membawa mereka menuju akhir yang tidak terelakkan?