Dunia pasca-apokaliptik kini menjadi reruntuhan yang sunyi setelah peristiwa besar terjadi. Di tengah kehancuran ini, para penyintas berusaha bertahan hidup sambil dibayangi oleh sisa-sisa teknologi misterius yang pernah mengubah wajah bumi secara permanen selamanya.
Shinji Ikari masih terjebak dalam trauma mendalam dan keputusasaan yang melumpuhkan jiwanya. Ia terus dihantui oleh kenangan pahit atas tanggung jawab besar yang dipikulnya sebagai pilot, sementara lingkungan sekitarnya terus menuntut tindakan nyata.
Hubungan kompleks antara Asuka Langley Shikinami dan Rei Ayanami mencapai titik didih baru. Mereka berjuang menghadapi identitas diri yang kian kabur, terperangkap dalam siklus perang tak berujung melawan musuh yang sulit sekali untuk ditaklukkan.
Gendo Ikari tetap teguh menjalankan rencana rahasia yang mengancam realitas umat manusia. Sosok ayah yang dingin ini menjadi antagonis utama bagi anaknya, memicu konflik psikologis rumit yang menguji batas kewarasan dan ikatan darah di antara mereka.
Pertarungan epik pun tak terelakkan saat seluruh misteri masa lalu mulai tersingkap di depan mata. Para pilot harus membuat pilihan sulit guna menentukan takdir dunia, membawa pesan mendalam tentang harapan, penerimaan diri, serta pemulihan luka batin.
Dua tahun udah berlalu sejak invasi klan Tendoshu di Terminal Pusat O-Edo. Sejak kejadian itu, anak-anak Yorozuya—Gintoki, Shinpachi, dan Kagura—malah milih buat bubar dan jalan masing-masing. Tapi diam-diam, Gintoki nyari tahu keberadaan energi Altana di bumi karena dia punya firasat kalau musuh abadi mereka, Utsuro, bakal bangkit lagi. Bener aja, abis baku hantam sama sisa-sisa anggota Tendoshu yang masih obsesi pengen hidup abadi, Gintoki akhirnya mutusin buat balik lagi ke Edo.
Nggak lama kemudian, anak-anak Shinsengumi dan Yorozuya akhirnya kumpul lagi dan langsung ngegas buat nyerang Terminal Pusat yang lagi dikuasai musuh. Situasinya bener-bener kritis karena energi Altana yang dikumpulin di rongsokan kapal Tendoshu terancam meledak hebat. Alhasil, Yorozuya dan aliansinya harus taruhan nyawa bertarung demi menyelamatkan Edo—sekaligus seluruh dunia—yang nasibnya lagi di ujung tanduk.
Demi mewujudkan impian terakhir guru mereka, Shoyo Yoshida, para mantan muridnya ini akhirnya bersatu kembali. Mereka bakal mengenang masa lalu untuk terakhir kalinya lewat pertarungan habis-habisan demi merebut kembali masa depan mereka. Saatnya final showdown!
