Dunia telah hancur oleh penyesalan yang mendalam bagi mereka yang terjebak dalam garis waktu kelam. Sci-fi psikologis ini mengeksplorasi trauma pasca-perjalanan waktu, di mana setiap detak jam terasa seperti siksaan bagi jiwa yang lelah akan tragedi masa lalu.
Okabe Rintarou kini hidup dalam bayang-bayang kegagalan, mencoba melupakan sosok gadis yang hilang dari ingatannya. Ia berjuang keras mempertahankan sisa kewarasannya sambil berhadapan dengan dunia yang perlahan mulai kehilangan harapan akan masa depan.
Kehadiran Makise Kurisu dalam bentuk kecerdasan buatan, Amadeus, mengguncang batin sang ilmuwan gila itu. Pertemuan tak terduga ini memaksanya berinteraksi dengan Hiyajo Maho, rekan peneliti yang menyimpan rahasia besar di balik teknologi simulasi memori.
Di tengah ketegangan geopolitik global, konspirasi besar mulai mengintai identitas para ilmuwan. Hubungan yang rumit antara kesetiaan dan ambisi membuat setiap keputusan terasa mematikan, sementara sosok Shiina Mayuri tetap menjadi jangkar emosinya.
Konflik batin dan konsekuensi waktu kini membentur dinding realitas yang semakin tipis. Apakah keberanian untuk mengubah takdir masih tersisa, ataukah umat manusia memang ditakdirkan untuk jatuh ke jurang kehancuran yang tak bisa dihindari oleh siapa pun?