Dunia penuh harapan menyambut para gadis penyihir yang kini melawan Nightmare demi menjaga kedamaian kota. Namun, di balik realitas yang tampak sempurna dan penuh warna ini, tersimpan keganjilan yang meresahkan. Kenyataan pun mulai dipertanyakan oleh hati kecil mereka.
Homura Akemi tiba di kota Mitakihara dengan perasaan asing yang menusuk. Ia merasakan ada sesuatu yang salah dengan lingkungan sekitar, memicu keraguan mendalam tentang ingatan yang ia miliki. Sesuatu yang ganjil mengintai di balik senyuman manis teman-temannya.
Madoka Kaname hadir sebagai sosok penuh kelembutan yang selalu mendukung rekan-rekannya dengan tulus. Hubungan emosional antara mereka berdua menjadi kunci utama dalam mengurai benang kusut yang terjalin, membangkitkan kenangan pahit yang seharusnya telah terkubur.
Sementara itu, Sayaka Miki dan Mami Tomoe terjebak dalam arus konflik yang semakin intens. Mereka harus menghadapi ancaman tak kasat mata yang mempertaruhkan jati diri serta tujuan suci sebagai gadis penyihir, di tengah kabut misteri yang kian pekat.
Kyoko Sakura pun ikut terseret dalam pusaran konspirasi gelap yang menguji loyalitas dan ketahanan mental mereka. Ketegangan memuncak saat kebenaran mulai tersingkap, memaksa para gadis ini membuat pilihan sulit yang akan menentukan masa depan takdir mereka selamanya.
Satu tahun setelah arwah sahabat mereka, Honma Meiko (Menma), mendadak muncul dan akhirnya berhasil pergi dengan damai, Jinta Yadomi dan sisa anggota grup Super Peace Busters berkumpul lagi. Demi menjaga kenangan manis tentang Menma agar gak pudar, mereka mutusin buat bikin ritual kecil: nulis surat yang ditujukan khusus buat mengenang sahabat masa kecil mereka itu. Sambil mencoba menikmati liburan musim panas bareng, sirkel pertemanan yang sempat retak ini mulai bernostalgia nginget-nginget lagi masa lalu mereka.
Film ini bakal ngebawa kita kilas balik ngeliat momen-momen emosional sebelum dan sesudah kematian Menma. Uniknya, alur cerita utama dari serialnya bakal diceritain ulang, tapi kali ini lewat sudut pandang (POV) masing-masing anggota Super Peace Busters—mulai dari Jinta, Anaru, Yukiatsu, Tsuruko, sampai Poppo. Kita bakal diajak ngeliat gimana perasaan jujur, penyesalan, dan rasa kehilangan yang selama ini dipendam sendirian oleh tiap karakter pasca ditinggal Menma.
Bisa dibilang, film ini adalah surat cinta sekaligus momen healing bagi para anggotanya buat bener-bener berdamai sama masa lalu. Lewat surat-surat yang mereka tulis, kelihatan jelas gimana kehadiran Menma—meski singkat—udah berhasil menyatukan dan mengubah hidup mereka jadi lebih kuat. Siap-siap aja buat tisu tambahan karena momen nostalgianya tetep bikin nyesek dan berkaca-kaca!
