Dunia berada di ambang kehancuran total saat organisasi NERV dikepung oleh pasukan militer yang ingin melenyapkan segalanya. Suasana mencekam menyelimuti markas bawah tanah ini, di mana umat manusia kini harus menghadapi ancaman kepunahan akibat konspirasi besar.
Di tengah kekacauan, Shinji Ikari mengalami kehancuran mental yang parah akibat beban tugas sebagai pilot. Ia merasa terjebak dalam pusaran konflik eksistensial yang membuatnya meragukan arti hidup, harga diri, serta posisinya di dalam dunia yang kian rusak.
Sementara itu, Asuka Langley Soryu berjuang bangkit dari trauma masa lalunya demi mempertahankan harapan terakhir. Hubungan mereka yang penuh ketegangan mencerminkan ketidakmampuan untuk saling memahami, memperdalam luka batin di tengah perang robot raksasa.
Di sisi lain, Rei Ayanami menyimpan misteri yang bakal menentukan nasib seluruh penghuni bumi. Sosoknya yang dingin dan penuh teka-teki menjadi kunci utama bagi rencana yang disusun oleh Gendo Ikari untuk mengubah esensi kemanusiaan selamanya.
Ketegangan memuncak saat batas antara realitas dan mimpi mulai memudar, memaksa para pilot menghadapi ketakutan terdalam mereka. Perjuangan untuk bertahan hidup kini berubah menjadi perjalanan spiritual yang mempertanyakan esensi jiwa serta kesepian manusia.
