Dunia ini dihuni oleh entitas purba misterius yang disebut Mushi, makhluk kasat mata yang hidup berdampingan namun tersembunyi dari pandangan manusia. Keberadaan mereka sering kali memicu fenomena ganjil yang tidak bisa dijelaskan oleh logika sains modern.
Seorang pengembara bijak bernama Ginko mendedikasikan hidupnya untuk meneliti makhluk ini. Dengan rambut putih dan satu mata hijau yang khas, ia melintasi pelosok desa untuk membantu orang-orang yang terkena dampak buruk dari fenomena supranatural.
Sebagai seorang Mushishi, ia bertindak layaknya seorang dokter yang menyembuhkan jiwa sekaligus fisik. Ia sering bertemu penduduk desa yang ketakutan, menuntun mereka memahami bahwa Mushi tidak jahat, mereka hanya berusaha bertahan hidup di alam ini.
Konflik batin muncul saat ia harus memilih antara menjaga keseimbangan ekosistem atau menyelamatkan nyawa manusia. Perjalanannya bukan sekadar petualangan, melainkan refleksi mendalam mengenai posisi manusia di tengah keteraturan semesta yang sangat luas.
Keheningan alam menjadi saksi bisu setiap pertemuan emosional yang dialaminya. Setiap langkahnya adalah usaha untuk merajut kedamaian antara dua dunia yang berbeda, memaksa penonton merenungkan eksistensi serta keajaiban yang tersembunyi dalam bayang-bayang.
