Dunia berada di ambang kehancuran setelah peristiwa apokaliptik yang dikenal sebagai Second Impact. Kini, umat manusia terancam oleh entitas misterius bernama Angel. Satu-satunya pertahanan yang tersisa adalah robot raksasa Evangelion yang dikendalikan oleh pilot muda terpilih.
Shinji Ikari dipanggil oleh ayahnya yang dingin untuk menjadi pilot Unit-01. Terjebak dalam beban tanggung jawab yang berat, ia harus berjuang menghadapi ketakutan batinnya sambil berusaha menuruti perintah organisasi NERV demi kelangsungan hidup umat manusia.
Di sana, ia bertemu dengan Rei Ayanami, pilot misterius yang tampak tak memiliki emosi, serta Asuka Langley Soryu yang penuh percaya diri namun menyimpan trauma. Hubungan yang kompleks di antara mereka sering kali memicu konflik internal yang sangat emosional.
Misato Katsuragi bertindak sebagai pengasuh sekaligus komandan mereka, berusaha menyeimbangkan profesionalisme tugas dengan kasih sayang. Sementara itu, Gendo Ikari terus mengatur rencana rahasia yang melibatkan masa depan seluruh umat manusia di balik perang.
Pertempuran melawan para Angel bukan sekadar aksi robot, melainkan perjalanan psikologis yang kelam. Saat misteri semakin dalam, mereka dipaksa menghadapi realita yang menyakitkan tentang diri sendiri, kesepian, dan eksistensi manusia di tengah kiamat yang kian mendekat.
