Kenalin nih, Hanako-kun atau yang aslinya bernama Amane Yugi. Dia ini adalah misteri sekolah nomor tujuh yang paling terkenal di Akademi Kamome. Meskipun penampilannya kelihatan kayak anak SMP yang iseng, sebenarnya dia adalah hantu yang punya tugas buat menjaga keseimbangan antara dunia manusia dan dunia supranatural. Dia biasanya nongkrong di bilik ketiga toilet perempuan lantai tiga, siap nungguin siapa pun yang mau manggil dia buat ngabulin permintaan.
Ceritanya makin seru pas dia ketemu sama Nene Yashiro, cewek yang akhirnya jadi asisten pribadinya. Mereka berdua sering banget ngelewatin kejadian-kejadian aneh bareng-bareng. Meskipun Hanako sering banget bercanda, usil, bahkan suka ngejahilin Nene, sebenarnya dia punya sisi yang super misterius dan penuh rahasia tentang masa lalunya yang tragis, terutama soal hubungan dia sama adiknya, Tsukasa Yugi.
Di balik senyum jailnya, Hanako-kun sebenernya memendam banyak beban sendirian. Dia harus terus berurusan dengan berbagai hantu jahat dan ancaman lain demi melindungi orang-orang di sekitarnya, terutama Nene. Hubungan mereka yang nggak biasa ini jadi kunci utama kenapa cerita ini bikin banyak orang baper sekaligus penasaran sama apa yang bakal terjadi selanjutnya di sekolah penuh misteri itu.