Dua tahun udah berlalu sejak invasi klan Tendoshu di Terminal Pusat O-Edo. Sejak kejadian itu, anak-anak Yorozuya—Gintoki, Shinpachi, dan Kagura—malah milih buat bubar dan jalan masing-masing. Tapi diam-diam, Gintoki nyari tahu keberadaan energi Altana di bumi karena dia punya firasat kalau musuh abadi mereka, Utsuro, bakal bangkit lagi. Bener aja, abis baku hantam sama sisa-sisa anggota Tendoshu yang masih obsesi pengen hidup abadi, Gintoki akhirnya mutusin buat balik lagi ke Edo.
Nggak lama kemudian, anak-anak Shinsengumi dan Yorozuya akhirnya kumpul lagi dan langsung ngegas buat nyerang Terminal Pusat yang lagi dikuasai musuh. Situasinya bener-bener kritis karena energi Altana yang dikumpulin di rongsokan kapal Tendoshu terancam meledak hebat. Alhasil, Yorozuya dan aliansinya harus taruhan nyawa bertarung demi menyelamatkan Edo—sekaligus seluruh dunia—yang nasibnya lagi di ujung tanduk.
Demi mewujudkan impian terakhir guru mereka, Shoyo Yoshida, para mantan muridnya ini akhirnya bersatu kembali. Mereka bakal mengenang masa lalu untuk terakhir kalinya lewat pertarungan habis-habisan demi merebut kembali masa depan mereka. Saatnya final showdown!
Gintoki, Shinpachi, dan Kagura balik lagi sebagai trio kocak bin bokek dari agen serbabisa Yorozuya! Tinggal di kota Edo versi fiksi—di mana bawa pedang itu ilegal dan alien udah menjajah Jepang—mereka berdua belas jam sehari kudu putar otak nyari duit lewat kerjaan apa aja. Masalahnya, Shinpachi sama Kagura sampai sekarang belum digaji juga... Hmm, apakah si Gin-chan beneran ngabisin semua duit operasional mereka cuma buat main judi pachinko?
Kekacauan makin menjadi pas Gintoki pulang mabok suatu malam dan gak sengaja ngeliat ada pesawat alien jatuh. Salah satu kru yang sekarat keluar dari kapal dan ngasih Gintoki sebuah alat mirip jam, sambil pesen kalau benda itu berkekuatan dahsyat dan harus dijaga. Besok paginya, karena ngira itu jam weker biasa yang berisik, Gintoki langsung nge-smash alat itu sampai hancur. Eh, mendadak dunia di luar apartemennya langsung berhenti total alias waktunya membeku!
Ditemani Kagura dan Shinpachi (yang untungnya gak ikut membeku), Gintoki akhirnya buru-buru keliling kota buat nyari tempat servis buat benerin jam fana tersebut. Tapi ya namanya juga Yorozuya, urusan simpel kayak gini pasti ujung-ujungnya malah ngerembet jadi masalah gede yang absurd. Di musim keempat ini, siap-siap aja disuguhin parodi super kocak sekaligus momen-momen serius yang bikin jantungan!
Setelah setahun absen, Shinpachi Shimura balik lagi ke Edo, tapi langsung dibikin kaget setengah mati. Gintoki sama Kagura, partner Yorozuya-nya, berubah jadi orang yang sama sekali beda! Pas Shinpachi lari dari markas gara-gara bingung, dia malah nemuin kalau semua orang di Edo udah berubah total, baik tampang maupun sifat mereka.
Yang paling nggak masuk akal, kakaknya, Otae, ternyata udah nikah sama bos Shinsengumi yang hobi ngintip, Isao Kondou, dan sekarang lagi hamil anak pertama mereka. Karena bingung harus gimana, Shinpachi akhirnya mau diajak gabung ke Shinsengumi sesuai permintaan Otae dan Kondou, tapi di sana dia malah nemuin lebih banyak lagi perubahan aneh di dalam organisasinya.
Untungnya, dia sadar kalau wakil ketua Toushirou Hijikata nggak berubah sama sekali. Akhirnya, Shinpachi sama Hijikata kerja sama buat balikin Edo ke kondisi semula. Dengan bumbu lelucon dewasa, parodi nyeleneh, dan referensi yang nggak tahu malu, Gintama balik lagi ngikutin kekacauan konyol Yorozuya di tengah dunia Edo yang penuh sama alien.
Setelah pertempuran sengit di Rakuyou, masa lalu yang tersembunyi dan tujuan asli dari pemimpin Naraku yang abadi, Utsuro, akhirnya terbongkar. Dengan mengacaukan cadangan Altana di berbagai planet, Utsuro berhasil memancing musuh terbesar Tendoshuu untuk turun tangan: Pasukan Pembebasan Altana. Karena Bumi jadi medan perang utama di konflik antargalaksi ini, rencana besar Utsuro untuk menghancurkan planet itu—sekaligus dirinya sendiri—hampir tuntas sepenuhnya.
Serangan di Terminal Pusat O-Edo menandai dimulainya pertempuran terakhir buat merebut kembali tanah para samurai. Yorozuya nggak kelihatan batang hidungnya, pemerintahan bakufu hampir hancur lebur, dan Shogun juga menghilang, bikin warga benar-benar nggak berdaya saat Pasukan Pembebasan mulai menjarah Edo dengan dalih membebaskan mereka dari kekuasaan Tendoshuu.
Terjepit di antara dua kekuatan besar yang sama-sama mengerikan, mungkinkah Gintoki, Kagura, Shinpachi, dan mantan murid-murid Shouyou Yoshida mengesampingkan ego mereka dan menyatukan semua sekutu demi melindungi apa yang mereka sayangi?
