Situasi bumi kian memanas saat invasi pasukan Altana mengancam eksistensi manusia. Pertarungan skala epik pecah di seluruh penjuru kota, menuntut kerja sama tak terduga demi menghentikan kehancuran total. Komedi satir berubah menjadi medan laga penuh emosi yang mencekam.
Gintoki Sakata kini memikul beban berat untuk melindungi rekan-rekannya dari ancaman musuh yang tak terduga. Bersama Shinpachi dan Kagura, ikatan persahabatan mereka diuji saat masa lalu kelam kembali menghantui setiap langkah perjuangan mereka.
Takasugi Shinsuke dan Katsura Kotaro muncul dengan agenda rahasia yang mengguncang stabilitas faksi. Rivalitas panjang yang penuh dendam berubah menjadi aliansi rapuh, di mana prinsip serta loyalitas dipertaruhkan demi menyelamatkan nasib masa depan mereka.
Kagura yang kini berjuang dengan jati dirinya harus menghadapi realita pahit bersama Kamui. Dinamika persaudaraan yang rumit ini menambah lapisan emosional mendalam, mempertegas bahwa di tengah kekacauan, ikatan darah tetap menjadi taruhan paling berharga.
Ketegangan memuncak saat konspirasi besar dibalik perang suci terungkap ke permukaan. Gintoki Sakata harus berhadapan dengan musuh utama yang mengincar jiwanya. Perang ini bukan sekadar senjata, melainkan manifestasi dari tekad baja setiap karakter demi kebebasan.
Setelah pertempuran sengit di Rakuyou, masa lalu yang tersembunyi dan tujuan asli dari pemimpin Naraku yang abadi, Utsuro, akhirnya terbongkar. Dengan mengacaukan cadangan Altana di berbagai planet, Utsuro berhasil memancing musuh terbesar Tendoshuu untuk turun tangan: Pasukan Pembebasan Altana. Karena Bumi jadi medan perang utama di konflik antargalaksi ini, rencana besar Utsuro untuk menghancurkan planet itu—sekaligus dirinya sendiri—hampir tuntas sepenuhnya.
Serangan di Terminal Pusat O-Edo menandai dimulainya pertempuran terakhir buat merebut kembali tanah para samurai. Yorozuya nggak kelihatan batang hidungnya, pemerintahan bakufu hampir hancur lebur, dan Shogun juga menghilang, bikin warga benar-benar nggak berdaya saat Pasukan Pembebasan mulai menjarah Edo dengan dalih membebaskan mereka dari kekuasaan Tendoshuu.
Terjepit di antara dua kekuatan besar yang sama-sama mengerikan, mungkinkah Gintoki, Kagura, Shinpachi, dan mantan murid-murid Shouyou Yoshida mengesampingkan ego mereka dan menyatukan semua sekutu demi melindungi apa yang mereka sayangi?