Setelah setahun absen, Shinpachi Shimura balik lagi ke Edo, tapi langsung dibikin kaget setengah mati. Gintoki sama Kagura, partner Yorozuya-nya, berubah jadi orang yang sama sekali beda! Pas Shinpachi lari dari markas gara-gara bingung, dia malah nemuin kalau semua orang di Edo udah berubah total, baik tampang maupun sifat mereka.
Yang paling nggak masuk akal, kakaknya, Otae, ternyata udah nikah sama bos Shinsengumi yang hobi ngintip, Isao Kondou, dan sekarang lagi hamil anak pertama mereka. Karena bingung harus gimana, Shinpachi akhirnya mau diajak gabung ke Shinsengumi sesuai permintaan Otae dan Kondou, tapi di sana dia malah nemuin lebih banyak lagi perubahan aneh di dalam organisasinya.
Untungnya, dia sadar kalau wakil ketua Toushirou Hijikata nggak berubah sama sekali. Akhirnya, Shinpachi sama Hijikata kerja sama buat balikin Edo ke kondisi semula. Dengan bumbu lelucon dewasa, parodi nyeleneh, dan referensi yang nggak tahu malu, Gintama balik lagi ngikutin kekacauan konyol Yorozuya di tengah dunia Edo yang penuh sama alien.
Edo kini dikuasai oleh Amanto, alien angkuh yang melarang penggunaan pedang di ruang publik. Di tengah kekacauan futuristik yang absurd ini, kehidupan sehari-hari menjadi ladang komedi satire yang penuh tawa sekaligus aksi laga yang sangat mendebarkan hati.
Gintoki Sakata, seorang samurai malas dengan rambut perak, mengelola Yorozuya bersama Shinpachi yang lugu dan Kagura yang bertenaga super. Mereka sering terlibat masalah aneh demi uang, sambil menghadapi masa lalu tragis yang kelam.
Ketegangan politik meningkat saat kelompok pemberontak dan pemerintah kolonial saling beradu. Para tokoh harus berjuang mempertahankan harga diri samurai di dunia yang modern, membuktikan bahwa persahabatan sejati tetap abadi meski zaman terus berubah.
