Gara-gara eksperimen transmutasi manusia yang gagal total, hidup kakak-beradik Edward dan Alphonse Elric langsung berubah jadi mimpi buruk. Mereka nekat ngelanggar tabu sihir demi nghidupin lagi ibu mereka yang udah meninggal. Hasilnya? Zonk besar. Al malah kehilangan seluruh badannya, sedangkan Ed harus kehilangan kaki kiri dan mengorbankan tangan kanannya demi mengikat jiwa Al ke dalam sebuah baju zirah besi kosong.
Untungnya, mereka diselametin sama tetangga mereka, Pinako dan cucunya, Winry. Winry yang jenius di bidang mekanik langsung bikinin tangan dan kaki palsu dari logam canggih bernama automail buat Ed. Setelah bertahun-tahun latihan fisik dan mental, Elric bersaudara akhirnya mutusin buat petualangan nyari Philosopher's Stone—batu mitos yang bisa ngangkangis hukum alam biar badan mereka bisa balik normal lagi.
Seiring berjalannya waktu, Ed berhasil jadi pakar alkimia negara sampai dapet julukan si "Fullmetal Alchemist". Tapi, perjalanan mereka nyari batu itu malah bikin mereka keseret ke dalam konspirasi gelap nan besar yang mengancam keselamatan seluruh dunia.
Satu tahun setelah pemberontakan berdarah Black Rebellion, Britannia mencengkeram Area 11 dengan lebih kejam. Kehidupan damai yang semu terasa ganjil bagi warga, sementara sisa-sisa pasukan perlawanan berusaha bangkit dari abu untuk menantang kaisar yang haus akan kekuasaan dunia.
Ingatan Lelouch vi Britannia telah dimanipulasi, membuatnya menjalani hari-hari sekolah yang membosankan. Namun, pertemuan tak terduga dengan C.C. memicu kembali memorinya sebagai Zero, sang pemimpin revolusi yang tak kenal ampun dalam mengatur strategi catur.
Kini Lelouch harus menyamar kembali, memimpin Order of the Black Knights melawan ayahnya sendiri. Di sisi lain, Suzaku Kururugi yang berkhianat kini menjadi musuh bebuyutan, menciptakan konflik batin tajam antara persahabatan lama dan idealisme yang saling bertabrakan.
Dunia semakin kacau dengan hadirnya Knight of Rounds yang mematikan dan intrik politik istana yang licik. Lelouch dituntut menggunakan kekuatan Geass miliknya dengan lebih cerdas, menantang takdir sambil menanggung beban moral atas setiap nyawa yang harus dikorbankan demi revolusi.
Puncak konspirasi global akan segera meledak, memaksa para karakter menentukan pilihan sulit demi masa depan umat manusia. Akankah dendam pribadi Lelouch membawa perubahan, atau justru menghancurkan dunia yang ingin ia ubah dengan tangannya sendiri melalui perang besar?
