Tiba-tiba, seorang peneliti ambisius bernama Zero muncul membawa niat licik. Ia ingin menguasai kekuatan Giratina demi kepentingan pribadinya sendiri. Kehadirannya membuat situasi semakin runyam, menempatkan Shaymin dan rekan-rekan Ash dalam bahaya nyata.
Dawn dan Brock berusaha keras melindungi Shaymin dari kejaran Zero yang menggunakan teknologi canggih. Keberanian mereka diuji saat mereka harus menghadapi tantangan di antara dua dunia yang berbeda demi menyelamatkan keseimbangan alam semesta.
