Dunia terancam oleh Black Ghost, organisasi jahat yang ingin memicu perang abadi demi keuntungan senjata. Sembilan manusia tak bersalah diculik dan dipaksa menjalani operasi modifikasi tubuh brutal, mengubah mereka menjadi mesin pembunuh paling canggih di planet ini.
Pemuda pemberontak bernama Joe Shimamura menjadi subjek kunci sebagai 009. Meski tubuhnya diperkuat teknologi luar biasa, ia berjuang keras mempertahankan sisi kemanusiaannya agar tidak kehilangan jati diri di tengah kekacauan misi yang mencekam.
Para cyborg ini memiliki latar belakang dan kemampuan unik yang sangat beragam. Di bawah bimbingan Dr. Isaac Gilmore, mereka membentuk ikatan keluarga yang erat, saling mendukung satu sama lain dalam menghadapi trauma fisik serta eksistensi mereka.
Konflik batin terus menghantui saat mereka menyadari bahwa mereka bukanlah manusia sepenuhnya lagi. Mereka harus melawan ketakutan akan kehilangan kendali atas diri sendiri, sembari memburu para pencipta mereka yang kejam demi meraih kebebasan yang hakiki.
Apakah mereka bisa terus menjaga harapan di dunia yang penuh kehancuran ini? Dengan kekuatan super yang kini mengalir di dalam darah, mereka memilih jalan sebagai pahlawan pembela kebenaran demi masa depan umat manusia yang sedang berada di ujung tanduk.