Hitohito Tadano adalah cowok super biasa yang punya rencana simpel pas masuk hari pertama SMA: nyari aman dan sebisa mungkin membaur sama sekitar biar nggak mencolok. Sialnya, rencana itu langsung gagal total gara-gara dia dapet tempat duduk persis di sebelah Shouko Komi, cewek paling cantik dan populer di sekolah (madonna). Alhasil, Tadano langsung dicap sebagai musuh bersama oleh cowok-cowok sekelas yang sirik setengah mati sama dia.
Komi sendiri emang terkenal anggun, cantik, dan punya aura misterius yang bikin dia dipuja-puja sama semua orang. Tapi di balik penampilannya yang sempurna itu, nggak ada satu orang pun yang tahu kalau Komi sebenernya punya kecemasan sosial akut dan gangguan komunikasi yang parah banget. Dia pengen banget ngobrol, tapi mulutnya selalu langsung terkunci rapat tiap kali mau interaksi sama orang lain.
Sampai suatu hari, pas lagi berduaan di kelas, sebuah kejadian maksa Komi buat ngobrol sama Tadano lewat tulisan di papan tulis. Tadano yang jadi orang pertama yang sadar kalau Komi susah komunikasi, akhirnya ikut ngambil kapur dan bales nulis di sana. Pas tahu kalau impian terbesar Komi selama SMA adalah pengen punya 100 teman, Tadano langsung bertekad buat bantuin dia—sekaligus resmi jadi teman pertama dalam hidup Komi!
Dua tahun udah berlalu sejak invasi klan Tendoshu di Terminal Pusat O-Edo. Sejak kejadian itu, anak-anak Yorozuya—Gintoki, Shinpachi, dan Kagura—malah milih buat bubar dan jalan masing-masing. Tapi diam-diam, Gintoki nyari tahu keberadaan energi Altana di bumi karena dia punya firasat kalau musuh abadi mereka, Utsuro, bakal bangkit lagi. Bener aja, abis baku hantam sama sisa-sisa anggota Tendoshu yang masih obsesi pengen hidup abadi, Gintoki akhirnya mutusin buat balik lagi ke Edo.
Nggak lama kemudian, anak-anak Shinsengumi dan Yorozuya akhirnya kumpul lagi dan langsung ngegas buat nyerang Terminal Pusat yang lagi dikuasai musuh. Situasinya bener-bener kritis karena energi Altana yang dikumpulin di rongsokan kapal Tendoshu terancam meledak hebat. Alhasil, Yorozuya dan aliansinya harus taruhan nyawa bertarung demi menyelamatkan Edo—sekaligus seluruh dunia—yang nasibnya lagi di ujung tanduk.
Demi mewujudkan impian terakhir guru mereka, Shoyo Yoshida, para mantan muridnya ini akhirnya bersatu kembali. Mereka bakal mengenang masa lalu untuk terakhir kalinya lewat pertarungan habis-habisan demi merebut kembali masa depan mereka. Saatnya final showdown!
