Setelah pertempuran sengit di Rakuyou, masa lalu yang tersembunyi dan tujuan asli dari pemimpin Naraku yang abadi, Utsuro, akhirnya terbongkar. Dengan mengacaukan cadangan Altana di berbagai planet, Utsuro berhasil memancing musuh terbesar Tendoshuu untuk turun tangan: Pasukan Pembebasan Altana. Karena Bumi jadi medan perang utama di konflik antargalaksi ini, rencana besar Utsuro untuk menghancurkan planet itu—sekaligus dirinya sendiri—hampir tuntas sepenuhnya.
Serangan di Terminal Pusat O-Edo menandai dimulainya pertempuran terakhir buat merebut kembali tanah para samurai. Yorozuya nggak kelihatan batang hidungnya, pemerintahan bakufu hampir hancur lebur, dan Shogun juga menghilang, bikin warga benar-benar nggak berdaya saat Pasukan Pembebasan mulai menjarah Edo dengan dalih membebaskan mereka dari kekuasaan Tendoshuu.
Terjepit di antara dua kekuatan besar yang sama-sama mengerikan, mungkinkah Gintoki, Kagura, Shinpachi, dan mantan murid-murid Shouyou Yoshida mengesampingkan ego mereka dan menyatukan semua sekutu demi melindungi apa yang mereka sayangi?
Edo kini mencekam dalam bayang-bayang konspirasi besar yang mengancam tatanan dunia. Di tengah kekacauan politik antara keshogunan dan faksi pemberontak, humor absurd dan aksi intens berpadu menjadi tontonan tak terduga bagi para penggemar yang merindukan keseruan.
Gintoki Sakata, sang samurai berambut perak yang malas namun setia kawan, harus memimpin Yorozuya menghadapi takdir kelam. Bersama Shinpachi yang sering jadi bahan lelucon dan Kagura yang tangguh, mereka terjerat konflik pelik masa lalu.
Hubungan mereka diuji saat musuh-musuh lama bangkit menuntut balas dendam. Gintoki tidak hanya berjuang melawan pedang, tetapi juga melindungi orang-orang terkasih dari ancaman yang jauh lebih besar daripada sekadar invasi alien di jalanan Edo yang sibuk.
Ketegangan memuncak ketika kebenaran mengenai asal-usul Gintoki mulai terkuak perlahan. Loyalitas para samurai dipertaruhkan, sementara pertempuran epik menuntut keberanian luar biasa dari mereka yang selama ini hanya dianggap sebagai pengangguran biasa.
Tema pengorbanan dan persahabatan abadi menjadi inti dari babak menegangkan ini. Akankah mereka berhasil menyelamatkan kedamaian kota, ataukah ego serta masa lalu yang traumatis akan menghancurkan ikatan yang telah lama dibangun oleh kelompok Yorozuya ini?
