Sebuah kemewahan kereta api luar angkasa berubah menjadi mimpi buruk saat sabotase misterius melumpuhkan sistem navigasi tepat di tengah perjalanan galaksi. Penumpang terjebak dalam kepanikan hebat ketika sabotase ini mengancam nyawa ribuan orang di ruang hampa.
Detektif muda Conan Edogawa harus beraksi cepat meski identitas aslinya terancam terbongkar di tengah kerumunan. Kecerdasannya diuji saat ia menemukan bukti bahwa pelaku adalah seorang profesional yang sengaja mengincar rel kereta untuk tujuan tersembunyi.
Tak sendirian, Ran Mouri berusaha menenangkan suasana di gerbong utama sambil menjaga sang ayah, Kogoro Mouri, yang terjebak dalam penyelidikan amatir. Ketegangan hubungan mereka memuncak saat rahasia masa lalu muncul di balik insiden kereta ini.
Ai Haibara pun bekerja dari balik layar, memberikan data krusial terkait teknologi berbahaya yang disusupkan ke dalam sistem kereta. Kerja sama mereka kali ini lebih berat karena musuh yang mereka hadapi memiliki koneksi langsung dengan organisasi hitam rahasia.
Di puncak badai kosmik, Kaito Kid tiba-tiba muncul di atap gerbong untuk mengejar harta karun terlarang. Pertarungan antara logika dan trik sulap pun tak terelakkan, memaksa mereka mengungkap kebenaran sebelum kereta ini meledak di tengah galaksi yang dingin.
