Dunia terancam hancur saat sesosok makhluk gurita berkekuatan super menghancurkan sebagian bulan. Kini, ia menuntut untuk mengajar di kelas buangan SMP Kunugigaoka. Pemerintah terpaksa setuju, memberikan kesempatan pada murid-muridnya untuk membunuh sang guru demi keselamatan bumi.
Di kelas 3-E, para siswa yang dianggap gagal justru menemukan sosok pendidik luar biasa dalam diri Koro-sensei. Ia adalah target pembunuhan yang sangat cepat, namun di saat bersamaan, ia justru menjadi guru paling suportif yang pernah mereka miliki di sekolah.
Salah satu murid berbakat, Nagisa Shiota, terus mengamati kelemahan gurunya dengan cermat. Meski tampak pendiam dan lembut, ia memiliki insting pembunuh alami yang membuat sang guru waspada. Hubungan keduanya berkembang menjadi ikatan yang sangat unik serta emosional.
Konflik batin terus menghantui kelas tersebut karena mereka harus memilih antara membunuh sosok pembimbing yang peduli atau membiarkan dunia hancur. Karma Akabane pun ikut tertantang, menggunakan kecerdasannya untuk menyusun rencana serangan yang jauh lebih taktis.
Ketegangan antara misi mematikan dan pelajaran sekolah menciptakan dinamika yang tak terduga. Mereka harus mengasah kemampuan untuk melenyapkan target, sambil belajar tentang jati diri dan masa depan. Apakah mereka mampu menamatkan nyawa gurunya sebelum waktu habis?
