Dunia berubah dalam sekejap ketika cahaya misterius membatu seluruh umat manusia selama ribuan tahun. Peradaban modern runtuh dan alam liar menguasai bumi. Di tengah kekacauan itu, seorang remaja jenius terbangun untuk memulai petualangan sains yang epik.
Senku Ishigami adalah pemuda brilian yang bertekad membangkitkan dunia dari zaman batu menggunakan kekuatan ilmu pengetahuan. Dengan otak tajam dan tekad baja, ia berusaha menciptakan teknologi dari nol demi menyelamatkan sisa umat manusia di bumi.
Ia dibantu oleh Taiju Oki, sahabatnya yang memiliki fisik luar biasa kuat namun berhati lembut. Bersama-sama, mereka harus menghadapi kerasnya alam liar serta ancaman dari manusia lain yang memiliki ideologi berbeda tentang masa depan dunia ini.
Munculnya Tsukasa Shishio, sang petarung terkuat, menciptakan konflik besar bagi mereka. Ia menentang kebangkitan orang dewasa karena dianggap korup, sehingga ia lebih memilih dunia tanpa teknologi demi membangun tatanan hidup yang lebih murni lagi.
Dinamika antara kecerdasan sains dan kekuatan fisik menjadi kunci utama perjuangan mereka. Perang ideologi pun tak terelakkan di antara puing-puing sejarah, menantang para karakter untuk membuktikan apakah akal budi mampu menaklukkan kebrutalan zaman batu.
