Gintoki, Shinpachi, dan Kagura balik lagi sebagai trio kocak bin bokek dari agen serbabisa Yorozuya! Tinggal di kota Edo versi fiksi—di mana bawa pedang itu ilegal dan alien udah menjajah Jepang—mereka berdua belas jam sehari kudu putar otak nyari duit lewat kerjaan apa aja. Masalahnya, Shinpachi sama Kagura sampai sekarang belum digaji juga... Hmm, apakah si Gin-chan beneran ngabisin semua duit operasional mereka cuma buat main judi pachinko?
Kekacauan makin menjadi pas Gintoki pulang mabok suatu malam dan gak sengaja ngeliat ada pesawat alien jatuh. Salah satu kru yang sekarat keluar dari kapal dan ngasih Gintoki sebuah alat mirip jam, sambil pesen kalau benda itu berkekuatan dahsyat dan harus dijaga. Besok paginya, karena ngira itu jam weker biasa yang berisik, Gintoki langsung nge-smash alat itu sampai hancur. Eh, mendadak dunia di luar apartemennya langsung berhenti total alias waktunya membeku!
Ditemani Kagura dan Shinpachi (yang untungnya gak ikut membeku), Gintoki akhirnya buru-buru keliling kota buat nyari tempat servis buat benerin jam fana tersebut. Tapi ya namanya juga Yorozuya, urusan simpel kayak gini pasti ujung-ujungnya malah ngerembet jadi masalah gede yang absurd. Di musim keempat ini, siap-siap aja disuguhin parodi super kocak sekaligus momen-momen serius yang bikin jantungan!
Tsukasa Mizugaki, seorang cowok umur 18 tahun, lagi apes karena gagal total pas ujian masuk kuliah. Tapi berkat bantuan orang dalam, dia akhirnya berhasil keterima kerja di SAI Corporation, sebuah perusahaan teknologi rahasia yang memproduksi "Giftia"—android super canggih yang fisik, sifat, dan emosinya udah mirip banget sama manusia biasa. Masalahnya, para Giftia ini punya masa kedaluwarsa; umur maksimal mereka cuma bisa bertahan selama 81.920 jam, atau sekitar 9 tahun 4 bulan aja.
Tsukasa sendiri ditempatin di divisi Terminal Service One, sebuah unit kerja yang punya tugas ngenes: menjemput dan menarik kembali para Giftia yang masa hidupnya udah mau habis. Tugas ini wajib dilakuin sebelum ingatan para android itu rusak dan mereka berubah jadi agresif alias ngamuk. Pas baru masuk kerja, Tsukasa langsung dipasangkan sama Giftia cantik berbadan mungil bernama Isla. Biarpun pembawaannya kalem dan super pendiam, Isla ini ternyata adalah veteran senior yang dianggap paling jago dalam urusan penjemputan Giftia di divisinya.
Seiring berjalannya waktu, Tsukasa yang sering nge-grup dan menghabiskan waktu bareng Isla malah pelan-pelan mulai jatuh cinta sama partner robotnya itu. Tapi, takdir berkata lain karena Tsukasa harus berpacaran dengan waktu; dia dipaksa buat berdamai dengan perasaannya sendiri sebelum sisa waktu Isla di dunia ini bener-bener habis. Dari setiap momen kebersamaan mereka yang manis, Tsukasa pelan-pelan belajar sebuah kenyataan pahit bahwa di dunia ini gak ada satu pun hal indah yang bakal bertahan selamanya!