Dunia pasca-apokaliptik kini menjadi reruntuhan yang sunyi setelah peristiwa besar terjadi. Di tengah kehancuran ini, para penyintas berusaha bertahan hidup sambil dibayangi oleh sisa-sisa teknologi misterius yang pernah mengubah wajah bumi secara permanen selamanya.
Shinji Ikari masih terjebak dalam trauma mendalam dan keputusasaan yang melumpuhkan jiwanya. Ia terus dihantui oleh kenangan pahit atas tanggung jawab besar yang dipikulnya sebagai pilot, sementara lingkungan sekitarnya terus menuntut tindakan nyata.
Hubungan kompleks antara Asuka Langley Shikinami dan Rei Ayanami mencapai titik didih baru. Mereka berjuang menghadapi identitas diri yang kian kabur, terperangkap dalam siklus perang tak berujung melawan musuh yang sulit sekali untuk ditaklukkan.
Gendo Ikari tetap teguh menjalankan rencana rahasia yang mengancam realitas umat manusia. Sosok ayah yang dingin ini menjadi antagonis utama bagi anaknya, memicu konflik psikologis rumit yang menguji batas kewarasan dan ikatan darah di antara mereka.
Pertarungan epik pun tak terelakkan saat seluruh misteri masa lalu mulai tersingkap di depan mata. Para pilot harus membuat pilihan sulit guna menentukan takdir dunia, membawa pesan mendalam tentang harapan, penerimaan diri, serta pemulihan luka batin.
