Dunia pasca kekacauan garis waktu menyisakan trauma mendalam bagi mereka yang terlibat. Setelah petualangan melintasi dimensi, realitas kini tampak stabil, namun beban kenangan dari dunia lain terus menghantui ingatan para anggotanya, menciptakan residu emosi yang sangat tak terduga.
Okabe Rintarou, pria yang memikul beban ingatan lintas waktu, mulai merasakan ketidakstabilan eksistensinya sendiri. Di tengah ketenangan palsu ini, sebuah ancaman yang tak kasatmata perlahan mulai mengancam kewarasan jiwanya dan stabilitas realitas yang ada.
Makise Kurisu kembali ke Akihabara dan segera menyadari ada sesuatu yang sangat janggal pada diri rekannya tersebut. Sebagai ilmuwan jenius, ia berusaha keras memahami fenomena psikologis ini, meski hatinya terikat oleh perasaan mendalam terhadap pria yang amat ia pedulikan.
Konflik batin memuncak saat realitas mulai tumpang tindih dengan ingatan masa lalu yang seharusnya telah terkubur. Shiina Mayuri dan anggota laboratorium lainnya terpaksa harus berhadapan dengan konsekuensi pahit dari mesin waktu yang dulu mereka banggakan secara gegabah.
Apakah cinta sanggup melampaui batas dimensi yang telah rusak? Menjelang titik balik yang krusial, mereka harus membuat pilihan sulit demi mempertahankan seseorang yang keberadaannya mulai menghilang secara perlahan dari ingatan kolektif dunia di sekitar mereka.
