Satu tahun setelah pemberontakan berdarah Black Rebellion, Britannia mencengkeram Area 11 dengan lebih kejam. Kehidupan damai yang semu terasa ganjil bagi warga, sementara sisa-sisa pasukan perlawanan berusaha bangkit dari abu untuk menantang kaisar yang haus akan kekuasaan dunia.
Ingatan Lelouch vi Britannia telah dimanipulasi, membuatnya menjalani hari-hari sekolah yang membosankan. Namun, pertemuan tak terduga dengan C.C. memicu kembali memorinya sebagai Zero, sang pemimpin revolusi yang tak kenal ampun dalam mengatur strategi catur.
Kini Lelouch harus menyamar kembali, memimpin Order of the Black Knights melawan ayahnya sendiri. Di sisi lain, Suzaku Kururugi yang berkhianat kini menjadi musuh bebuyutan, menciptakan konflik batin tajam antara persahabatan lama dan idealisme yang saling bertabrakan.
Dunia semakin kacau dengan hadirnya Knight of Rounds yang mematikan dan intrik politik istana yang licik. Lelouch dituntut menggunakan kekuatan Geass miliknya dengan lebih cerdas, menantang takdir sambil menanggung beban moral atas setiap nyawa yang harus dikorbankan demi revolusi.
Puncak konspirasi global akan segera meledak, memaksa para karakter menentukan pilihan sulit demi masa depan umat manusia. Akankah dendam pribadi Lelouch membawa perubahan, atau justru menghancurkan dunia yang ingin ia ubah dengan tangannya sendiri melalui perang besar?
Shinichirou Nakagami punya kehidupan yang bikin cowok-cowok seumurannya ngiri abis: dia tinggal serumah sama Hiromi Yuasa, siswi idola sekolah. Tapi, Hiromi yang biasanya ceria berubah jadi pendiam dan dingin banget sejak ibunya meninggal. Di saat teman-temannya sibuk cemburu sama Shinichirou, muncul gosip baru gara-gara dia ketemu sama Noe Isurugi, cewek aneh yang katanya bisa ngutuk orang dan kutukannya itu selalu kejadian beneran.
Noe sempat ngasih kutukan ke Shinichirou juga. Tapi, katanya kalau mau ngutuk orang, kita harus siap-siap kena batunya sendiri. Ternyata benar, kutukan Noe malah balik ke dia sendiri dalam bentuk musibah yang menimpa ayam kesayangannya, Raigomaru. Anehnya, Noe nggak nangis sama sekali karena dia ngerasa air matanya udah dicuri.
Supaya Noe bisa nangis lagi, dia butuh air mata dari orang lain. Di saat itulah, Shinichirou malah kepikiran satu orang yang air matanya pengin banget dia hapus.
