Dunia berubah total setelah Kekaisaran Britannia menjajah Jepang dengan robot tempur canggih bernama Knightmare Frame. Jepang kini hanya menjadi Area 11 yang tertindas, sementara penduduknya dipaksa hidup menderita di bawah pemerintahan militer yang kejam dan otoriter.
Seorang siswa cerdas bernama Lelouch vi Britannia menyimpan dendam mendalam terhadap ayahnya sendiri. Hidupnya berubah drastis saat ia bertemu dengan gadis misterius bernama C.C. yang memberikan kekuatan supranatural unik bernama Geass kepadanya.
Kekuatan Geass memungkinkan Lelouch memerintah siapapun untuk menuruti perintahnya mutlak. Menggunakan identitas bertopeng Zero, ia memimpin organisasi pemberontak untuk meruntuhkan kekaisaran, namun ia harus berhadapan dengan sahabat masa kecilnya, Suzaku Kururugi.
Konflik batin pecah karena Suzaku memilih berjuang dari dalam sistem demi mengubah Britannia. Persahabatan mereka diuji oleh ideologi berbeda, membuat Lelouch terjebak dalam dilema antara rasa sayang kepada keluarga dan ambisi untuk menciptakan dunia yang lebih adil.
Ketegangan politik dan strategi perang psikologis terus menghantui setiap langkah sang pangeran buangan. Lelouch harus mengorbankan segalanya, termasuk moralitas dan kedamaian jiwanya, demi mewujudkan impian besar yang ia yakini benar di tengah kehancuran total.