Abis pertempuran hidup-mati di Kota Air Priestella, Subaru dan teman-temannya emang menang, tapi bayarannya mahal banget. Gara-gara kekuatan "Keserakahan" (Gluttony), Rem koma nggak bangun-bangun, ingatan Crusch habis dimakan, sampai-sampai nama Julius pun dilupain sama semua orang. Pas lagi pusing nyari cara buat nyelametin mereka, Subaru denger rumor tentang si "Bijak" Shaula—sosok serba tahu yang katanya punya segala macam ilmu.
Tujuan Subaru selanjutnya adalah Menara Pengawas Pleiades, tempat tinggal si Bijak yang ada di ujung gurun pasir misterius bernama Bukit Pasir Auguria. Tempat ini bahaya banget, bahkan Reinhard si "Ksatria Pedang" paling sakti aja pernah gagal nembus ke sana. Gurunnya ekstrem, banyak monster sihir aneh, pokoknya isinya bahaya maut semua, deh.
Tapi demi mengembalikan apa yang udah hilang, Subaru bareng teman-temannya nekat berangkat dan mempertaruhkan nyawa mereka sekali lagi buat nerobos gurun maut tersebut. Perjalanan epik mereka pun dimulai!
Satu tahun setelah pemberontakan berdarah Black Rebellion, Britannia mencengkeram Area 11 dengan lebih kejam. Kehidupan damai yang semu terasa ganjil bagi warga, sementara sisa-sisa pasukan perlawanan berusaha bangkit dari abu untuk menantang kaisar yang haus akan kekuasaan dunia.
Ingatan Lelouch vi Britannia telah dimanipulasi, membuatnya menjalani hari-hari sekolah yang membosankan. Namun, pertemuan tak terduga dengan C.C. memicu kembali memorinya sebagai Zero, sang pemimpin revolusi yang tak kenal ampun dalam mengatur strategi catur.
Kini Lelouch harus menyamar kembali, memimpin Order of the Black Knights melawan ayahnya sendiri. Di sisi lain, Suzaku Kururugi yang berkhianat kini menjadi musuh bebuyutan, menciptakan konflik batin tajam antara persahabatan lama dan idealisme yang saling bertabrakan.
Dunia semakin kacau dengan hadirnya Knight of Rounds yang mematikan dan intrik politik istana yang licik. Lelouch dituntut menggunakan kekuatan Geass miliknya dengan lebih cerdas, menantang takdir sambil menanggung beban moral atas setiap nyawa yang harus dikorbankan demi revolusi.
Puncak konspirasi global akan segera meledak, memaksa para karakter menentukan pilihan sulit demi masa depan umat manusia. Akankah dendam pribadi Lelouch membawa perubahan, atau justru menghancurkan dunia yang ingin ia ubah dengan tangannya sendiri melalui perang besar?
