Setelah pertempuran sengit di Rakuyou, masa lalu yang tersembunyi dan tujuan asli dari pemimpin Naraku yang abadi, Utsuro, akhirnya terbongkar. Dengan mengacaukan cadangan Altana di berbagai planet, Utsuro berhasil memancing musuh terbesar Tendoshuu untuk turun tangan: Pasukan Pembebasan Altana. Karena Bumi jadi medan perang utama di konflik antargalaksi ini, rencana besar Utsuro untuk menghancurkan planet itu—sekaligus dirinya sendiri—hampir tuntas sepenuhnya.
Serangan di Terminal Pusat O-Edo menandai dimulainya pertempuran terakhir buat merebut kembali tanah para samurai. Yorozuya nggak kelihatan batang hidungnya, pemerintahan bakufu hampir hancur lebur, dan Shogun juga menghilang, bikin warga benar-benar nggak berdaya saat Pasukan Pembebasan mulai menjarah Edo dengan dalih membebaskan mereka dari kekuasaan Tendoshuu.
Terjepit di antara dua kekuatan besar yang sama-sama mengerikan, mungkinkah Gintoki, Kagura, Shinpachi, dan mantan murid-murid Shouyou Yoshida mengesampingkan ego mereka dan menyatukan semua sekutu demi melindungi apa yang mereka sayangi?
