Tomoya Okazaki dan Nagisa Furukawa akhirnya lulus SMA, dan bareng-bareng mereka ngerasain gimana serunya sekaligus emosionalnya masa-masa pendewasaan. Karena Tomoya sempat bingung nentuin masa depan, dia akhirnya belajar pentingnya kerja keras dan ngerasain banget dukungan dari Nagisa. Berkat dedikasi dan kekompakan mereka, pasangan ini terus berjuang buat ngadepin masalah masing-masing, makin akrab sama teman-teman lama, sekaligus ngebangun hubungan baru.
Waktu juga terus berjalan di Dunia Ilusi. Pas padang rumput mulai kerasa dingin gara-gara musim dingin yang datang, Gadis Ilusi dan Boneka Sampah dihadapkan sama situasi sulit yang akhirnya ngebuka rahasia tentang tujuan asli dunia tersebut.
Perjalanan mereka berdua bener-bener jadi ujian buat hati, nunjukin kalau setiap perjuangan, entah itu di dunia nyata atau dunia fantasi, punya makna mendalam yang bakal ngebentuk masa depan mereka selamanya.
Dr. Kenzou Tenma, seorang ahli bedah saraf elit yang baru saja tunangan sama anak direktur rumah sakit, lagi gampang banget naik jabatan. Tapi semua berubah gara-gara satu malam yang kelihatan sepele. Waktu dia mau operasi pasien, direktur malah nyuruh dia pindah menangani seorang artis terkenal. Teman sejawat sama tunangannya sih bangga banget sama pencapaian dia, tapi karena keputusan itu, seorang pekerja imigran malah meninggal, yang akhirnya bikin batin Dr. Tenma tersiksa banget.
Nah, pas kejadian serupa terulang lagi, Dr. Tenma akhirnya teguh sama pendiriannya dan milih buat mengoperasi bocah laki-laki bernama Johan Liebert daripada wali kota. Sayangnya, keputusan ini bikin hidup dia berantakan dan dia kehilangan status sosialnya. Tapi nggak lama kemudian, direktur dan dua dokter lainnya tewas misterius, yang malah bikin posisi Dr. Tenma balik lagi. Karena nggak ada bukti yang kuat, dia dibebasin dan malah naik pangkat jadi direktur rumah sakit.
Sembilan tahun kemudian, pas Dr. Tenma nyelamatin nyawa seorang kriminal, masa lalunya balik lagi buat menghantui dia—dia harus berhadapan langsung sama 'monster' yang dulu pernah dia operasi. Sekarang, dia mau nggak mau harus pergi memburu orang itu buat memperbaiki semua kekacauan yang udah diperbuat sama sosok yang dulu dia selamatkan.
